Zawieszenie w 2001 r. postępowania sądowego z urzędu nie powodowało skutków określonych w przepisie art. 54 par. 1 pkt 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, w zakresie nienaliczenia odsetek za okres zawieszenia postępowania.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 7 lipca 2005 r. na rozprawie w Wydziale II Izby Finansowej skargi kasacyjnej "U." Towarzystwa Ubezpieczeń Spółki Akcyjnej w Ł. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 6 maja 2004 r. I SA/Łd 969/03 w sprawie ze skargi "U." Towarzystwa Ubezpieczeń Spółki Akcyjnej w Ł. na postanowienie Izby Skarbowej w Ł. z dnia 11 czerwca 2003 r. (...) w przedmiocie zaliczenia wpłaconej kwoty na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 1994 r. - oddala skargę kasacyjną; (...).
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 6 maja 2004 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargę "U." Towarzystwa Ubezpieczeń Spółki Akcyjnej w Ł. na postanowienie Izby Skarbowej w Ł. z dnia 11 czerwca 2003 r. w przedmiocie zaliczenia wpłaconej kwoty na poczet zaległości w podatku dochodowy od osób prawnych za 1994 r.
W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd stwierdził, iż organy podatkowe nie naruszyły wskazanych w skardze przepisów Ordynacji podatkowej, to jest art. 54 par. 1 pkt 4 i art. 55 par. 2. Jedynym spornym zagadnieniem w sprawie jest kwestia interpretacji art. 54 par. 1 pkt 4 Ordynacji podatkowej, a zatem ustalenie, czy zawieszenie postępowania z urzędu, o którym mowa w tym przepisie, dotyczy także zawieszenia postępowania sądowoadministracyjnego. Od rozstrzygnięcia tego zagadnienia zależy ocena prawidłowości rozliczenia wpłaconej przez podatnika na poczet zaległości kwoty 2.000.000 zł. Sąd wyjaśnił, iż Ordynacja podatkowa normuje: zobowiązania podatkowe, informacje podatkowe, postępowanie podatkowe, kontrolę podatkową i czynności sprawdzające oraz tajemnice skarbową /art. 1 Ordynacji podatkowej/.
W ustawie tej zawarte są ogólne i podstawowe uregulowania kwestii podatkowych mające zasadnicze znaczenie dla poszczególnych rodzajów podatków. Najważniejsze znaczenie, tak ze względu na obszerność regulacji, jak i na merytoryczną zawartość, mają przepisy działu III normujące zasadnicze i ogólne kwestie instytucji zobowiązania podatkowego - mające głównie charakter norm prawa podatkowego materialnego, oraz przepisy działu IV normujące kwestie postępowania podatkowego i mające charakter proceduralny. Przepisy Ordynacji podatkowej regulujące zagadnienia o charakterze materialnoprawnym nawiązują często do instytucji proceduralnych uregulowanych w tej ustawie. Tak jest w art. 54 Ordynacji przewidującym odstępstwa od ogólnej zasady obowiązku zapłaty przez podatnika odsetek za zwłokę w razie nie zapłacenia podatku w terminie jego płatności. Skoro Ordynacja podatkowa reguluje kompleksowo zasadnicze kwestie prawa podatkowego, zarówno o charakterze materialnoprawnym, jak i procesowym, to należy założyć, że ustawodawca odwołując się do instytucji o charakterze procesowym miał na uwadze instytucję właściwą dla postępowania podatkowego, w szczególności uregulowaną w tej ustawie, chyba że zastrzegł jasno, iż nawiązuje do innej regulacji.
Zdaniem Sądu należy zatem przyjąć, iż nawiązując w art. 54 par. 1 pkt 4 Ordynacji do zawieszenia postępowania z urzędu ustawodawca miał na uwadze zawieszenie postępowania podatkowego uregulowane w art. 201 tej ustawy, a zatem podejmowane w formie postanowienia przez organ podatkowy w toku postępowania podatkowego. Intencją ustawodawcy, jak wynika z treści poszczególnych paragrafów i punktów art. 54, było wyłączenie pobierania odsetek od zaległego podatku za te okresy, w których niezapłacenie było lub mogło być spowodowane przyczynami leżącymi po stronie organów podatkowych albo za czas, gdy organ dysponował już stosownymi środkami pieniężnymi. Wyłączenie takie wynika z faktu, iż dla czynności organów podatkowych przewidziane zostały odpowiednie terminy - na załatwienie sprawy, na przekazanie odwołania organowi odwoławczemu. Nienaliczenie odsetek jest konsekwencją ich niedotrzymania, ma mobilizować organy podatkowe do sprawnego działania. Odsetki za zwłokę są co do zasady naliczane, zgodnie z art. 53 par. 4 Ordynacji, od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku lub terminu, w którym płatnik lub inkasent był obowiązany dokonać wpłaty podatku na rachunek organu podatkowego. Są one zatem naliczane także za okres trwania postępowania kontrolnego i podatkowego, poza wypadkami wskazanymi w art. 54.