Zarzut naruszenia przepisu art. 141 par. 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1270 ze zm./ będzie skuteczny tylko wtedy, gdy połączony zostanie z innymi uchybieniami Sądu zaistniałymi na etapie rozpoznawania skargi.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 29 kwietnia 2005 r. na rozprawie w Wydziale I Izby Finansowej skargi kasacyjnej Bogdana G. właściciela Przedsiębiorstwa Produkcyjno-Usługowego "G." w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 kwietnia 2004 r. III SA 2390/02 w sprawie ze skargi Bogdana G. właściciela Przedsiębiorstwa Produkcyjno-Usługowego "G." w L. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 1 sierpnia 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatku od towarów i usług - oddala skargę kasacyjną; (...).
Wyrokiem z dnia 20.04.2004 r., III SA 2390/02 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Bogdana G. - prowadzącego działalność gospodarczą pod firmą PPU "G." w L. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 1.08.2002 r., (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatku od towarów i usług.
Powyższe rozstrzygnięcie zapadło na podstawie następującego stanu faktycznego:
Bogdan G. w dniu 22.03.2002 r. wniósł żądanie stwierdzenia nieważności decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w L. z dnia 28.01.2002 r. z powodu rażącego naruszenia art. 247 par. 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ przy określaniu zobowiązania w podatku od towarów i usług za miesiące listopad i grudzień 1999 r., zaległości podatkowej za te okresy oraz wysokości odsetek od zaległości podatkowych. W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji wskazano, że podatnik w rozliczeniu za wskazane miesiące obniżył podatek należny o podatek naliczony wynikający z faktur wystawionych przez zakład pracy chronionej, za które nie dokonano zapłaty w formie bezgotówkowej w miesiącu ich otrzymania i nie opłacono ich do dnia złożenia deklaracji VAT-7. Dlatego też uznano, iż podatnik nie miał prawa na podstawie par. 54 ust. 5 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024 ze zm./ do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z tych faktur.
W decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 15.05.2002 r. odmówiono stwierdzenia nieważności decyzji inspektora kontroli skarbowej, wskazując że przepis par. 54 ust. 5 pkt 1 rozporządzenia stanowi przepis szczególny względem art. 19 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ oraz wprowadza na podatników mających status zakładu pracy chronionej dodatkowy warunek odliczenia podatku naliczonego. Dlatego też zapłata należności wynikających z faktury w formie bezgotówkowej za pośrednictwem banku musi być spełniony razem z ogólnymi warunkami odliczenia podatku naliczonego z art. 19 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.
W związku z nowelizacją ustawy o kontroli skarbowej, która weszła w życie od 1.07.2002 r., wniesione odwołanie od powyższej decyzji do Ministra Finansów potraktowano jako wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej.
Decyzja Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 1.08. 2002 r., (...) utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję. Podtrzymano w niej wcześniejszą argumentację oraz wskazano, że argumenty podnoszone przez podatnika w toku postępowania nie uzasadniają stwierdzenia, że w sprawie doszło do rażącego naruszenia prawa.