W wypadku rozpatrywania przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy, przewidzianego w art. 26 ust. 2 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej /Dz.U. 1999 nr 54 poz. 572 ze zm./, nie ma zastosowania przepis art. 130 par. 1 pkt 5 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 27 kwietnia 2004 r. III SA 3136/02 w sprawie ze skargi Jerzego M. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 21 października 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w sprawie podatku od towarów i usług - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Warszawie.
Wyrokiem z dnia 27 kwietnia 2004 r., III SA 3136/02, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie - po rozpoznaniu skargi Jerzego M. /Przedsiębiorstwo Produkcyjno-Handlowo-Usługowe "M."/ - uchylił decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 21 października 2002 r. odmawiającą stwierdzenia nieważności decyzji w sprawie podatku od towarów i usług.
W uzasadnieniu wyroku Sąd przedstawił przebieg postępowania w sprawie, podając w szczególności, że Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzją z dnia 10 lipca 2002 r. odmówił stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 30 marca 2001 r. w sprawie podatku od towarów i usług Jerzego M. za luty-maj, lipiec i listopad 1999 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej stwierdził m.in., że przy wydaniu decyzji Inspektor nie naruszył w sposób rażący przepisów wskazanych przez stronę we wniosku o stwierdzenie nieważności. Z kolei wnioskiem z 20 lipca 2002 r. Jerzy M. zwrócił się o ponowne rozpatrzenie sprawy. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej po ponownym rozpatrzeniu sprawy decyzją z dnia 21 października 2002 r. utrzymał w mocy swoją decyzję z dnia 10 lipca 2002 r. Na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 21 października 2002 r. Jerzy M. złożył skargę do sądu administracyjnego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny stwierdził, że zarówno w wydaniu zaskarżonej decyzji, jak i decyzji ją poprzedzającej, brała udział ta sama osoba - sekretarz stanu w Ministerstwie Finansów Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej /Wiesław C./, a stosownie do art. 130 par. 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej pracownik Ministerstwa Finansów podlega wyłączeniu od udziału w postępowaniu w sprawach dotyczących zobowiązań podatkowych oraz w innych sprawach normowanych przepisami prawa podatkowego, w których brał udział w wydawaniu decyzji. Na podstawie tego przepisu wyłączeniu podlega także pracownik piastujący stanowisko organu administracji państwowej, jakim jest Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, zaś naruszenie przepisów o wyłączeniu pracownika, polegające na wydaniu decyzji przez pracownika, który został wyłączony, stanowi przesłankę wznowienia postępowania.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wniósł na podstawie art. 173 par. 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1270 ze zm./ skargę kasacyjną, w której zarzucił, że wymieniony wyrok został wydany z naruszeniem:
- art. 130 par. 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej poprzez jego niewłaściwą wykładnię i przyjęcie, że Wiesław C., Sekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, nie miał prawa po ponownym rozpatrzeniu sprawy, jako Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, podpisać decyzji z dnia 21 października 2002 r.
- art. 8 ust. 1a oraz art. 26 ust. 2 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej /Dz.U. 1999 nr 54 poz. 572 ze zm./, w brzmieniu obowiązującym w dniu wydania decyzji z 21 października 2002 r., poprzez niezastosowanie tego przepisu, z którego wynika, że wyłączenie organu kontroli skarbowej następuje z przyczyn określonych w art. 130 par. 1 pkt 1-4, 6 i 7 Ordynacji podatkowej.