Zakresem kognicji sądów administracyjnych nie może być ocena prawna umowy cywilnoprawnej zawartej przez stronę skarżącą z jej kontrahentem. Akty i czynności, o których mowa jest w art. 3 par. 2 pkt 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1270/, podlegające kognicji sądów administracyjnych muszą mieć bowiem charakter publicznoprawny. Tylko w tym zakresie działalność administracji poddana została sądowe kontroli.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 1 lutego 2005 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "AM" we W. na postanowienie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 10 maja 2004 r. I SA/Wr 427/04 w sprawie ze skargi "AM" we W. na wynik kontroli Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. z dnia 28 listopada 2003 r. (...) w przedmiocie prawidłowości gospodarowania środkami publicznymi na realizację inwestycji budowlanych finansowanych z dotacji budżetowej - oddala skargę kasacyjną.
Zaskarżonym postanowieniem z dnia 10 maja 2004 r., I SA/Wr 427/04, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu odrzucił skargę "AM" we W. na wynik kontroli Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. z dnia 28 listopada 2003 r. w przedmiocie prawidłowości gospodarowania środkami publicznymi przeznaczonymi na realizację inwestycji budowlanych finansowanych z dotacji budżetowej. W zaskarżonym wyniku kontroli stwierdzono nieprawidłowość wykorzystania przez stronę środków z dotacji budżetu państwa i nakazano usunąć te nieprawidłowości w terminie do 31 grudnia 2003 r. oraz podjąć działania zabezpieczające w przyszłości przestrzeganie przepisów ustawy z dnia 26 listopada 1998 r. o finansach publicznych /t.j. Dz.U. 2003 nr 15 poz. 148 ze zm./. Strona, pismem z dnia 31 grudnia 2003 r. wezwała organ, na podstawie art. 34 ust. 3 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym, do usunięcia naruszenia przepisów prawa materialnego, kwestionując ustalenia z punktu II wyniku kontroli, podnosząc, że organ nieprawidłowo pouczył stronę, iż od przedmiotowego wyniku kontroli nie przysługują środki odwoławcze. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej we W. nie uwzględnił zarzutów strony.
W skardze z dnia 18 lutego 2004 r. pełnomocnik strony skarżącej wniósł o uchylenie zaskarżonego wyniku kontroli w części dotyczącej punktu II i III, ponawiając wcześniejszą argumentację. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej we W. wniósł o odrzucenie skargi, podnosząc, iż zaskarżony wynik kontroli nie wykazuje cech aktu lub czynności z zakresu administracji publicznej, dotyczących uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa, a więc nie jest aktem o którym mowa w art. 3 par. 2 pkt 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
Postanowieniem z dnia 10 maja 2004 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu odrzucił skargę uznając, iż zaskarżony wynik kontroli ogranicza się do ustaleń faktycznych, wytknięcia stwierdzonych nieprawidłowości i sformułowania stronie zaleceń na przyszłość, brak w nim natomiast końcowych wskazań i wniosków, z których wynikałyby dla strony skarżącej bezpośrednie i konkretne obowiązki. Z tego też powodu zaskarżony akt nie spełnia wymogów określonych w art. 3 par. 2 pkt 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi i, jako taki, nie podlega rozpoznaniu przez Wojewódzki Sąd Administracyjny.
W skardze kasacyjnej z dnia 29 czerwca 2004 r. pełnomocnik "AM" wniósł o uchylenie w całości zaskarżonego orzeczenia i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu oraz o zasądzenie od strony przeciwnej kosztów postępowania kasacyjnego, w tym zastępstwa według norm przepisanych, opierając skargę na zarzucie naruszenia prawa procesowego, czyli art. 3 par. 2 pkt 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
W uzasadnieniu skargi kasacyjnej podniesiono, iż ustalenia Sądu, zgodnie z którymi z wyniku kontroli nie wynikają dla strony bezpośrednie i konkretne obowiązki, są mylne i nieprawidłowe. W ocenie skarżącego organ kontroli dokonał błędnej oceny prawnej umowy z dnia 30 września 1994 r. o wykonanie I etapu budowy nowej "AM" zawartej przez stronę skarżącą z "W." S.A. Przedsiębiorstwo Budownictwa Przemysłowego nr 2 stwierdzając, że zakres przedmiotowy tej umowy nie dotyczy zleconych i wykonanych robót w latach 2000-2002 związanych z realizacją inwestycji, które winny być powierzone do wykonania zgodnie z ustawą o zamówieniach publicznych. Błędna ocena zakresu przedmiotowego umowy wraz z wnioskiem dotyczącym podjęcia działań zabezpieczających w przyszłości przestrzeganie przepisów ustawy o zamówieniach publicznych powoduje, że wynik kontroli w istocie rzeczy stanowi akt administracyjny oddziaływujący na umowę cywilnoprawną podlegającą reżimowi art. 353[1] Kodeksu cywilnego, a więc akt administracyjny, który pośrednio lub bezpośrednio oddziałuje na prawa i obowiązki strony skarżącej. Kwestionowany wynik kontroli stanowi przesłankę odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych osób odpowiedzialnych oraz pod rygorem tej odpowiedzialności w przyszłości zobowiązuje do rozwiązania umowy cywilnoprawnej i powierzenia realizacji inwestycji w drodze nowego przetargu, zgodnie z obowiązującą ustawą o zamówieniach publicznych. Zdaniem strony wynik kontroli jako akt administracyjny podważa w świetle ustawy o zamówieniach publicznych obowiązującą umowę cywilnoprawną stanowiącą element publicznego porządku prawnego, tak więc dotyczy uprawnień i obowiązków strony wynikających z przepisów prawa i tym samym wypełnia hipotezę art. 3 par. 2 pkt 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi i podlega rozpoznaniu przez sąd administracyjny.