1. Ustalenie podstawy opodatkowania za rok podatkowy z pominięciem przysługującego podatnikowi zwolnienia od podatku otrzymanych dotacji stanowi rażące pogwałcenie przepisów konstytucyjnych /art. 84 w zw. z art. 217/, które stanowią o obowiązku ponoszenia ciężarów podatkowych, ale tylko w zakresie wynikającym z ustaw.
2. Skoro nie budzi wątpliwości istota dopłat jako dotacji z budżetu państwa oraz to, że dopłaty te otrzymywały banki, co oznacza, że były one ich przychodem, przepis zwalniający te dotacje w 1999 r. od podatku nie powinien wywoływać wątpliwości interpretacyjnych i zasadniczych rozbieżności w jego rozumieniu. Fakt, że one w praktyce wystąpiły nie może prowadzić do wniosku, że rozbieżności w orzecznictwie i zmienności zapatrywań Ministerstwa Finansów wykluczają uznanie nieuprawnionej interpretacji przepisu art. 17 ust. 1 pkt 14 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, w brzmieniu obowiązującym w 1999 r. /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ za rażąco naruszającą prawo.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 8 lutego 2005 r. na rozprawie w II Wydziale Izby Finansowej skargi kasacyjnej Banku Spółdzielczego w S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 lutego 2004 r. III SA 1621/02 w sprawie ze skargi Banku Spółdzielczego w S. na decyzję Ministra Finansów z dnia 11 maja 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 rok - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę WSA w Warszawie do ponownego rozpoznania,
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 11 lutego 2004 r. III SA 1621/02 Wojewódzki Sąd Administracyjny oddalił skargę Banku Spółdzielczego w S. na decyzję Ministra Finansów z dnia 11 maja 2002 r., którą po rozpatrzeniu odwołania od decyzji tego organu z dnia 7 marca 2002 r. odmawiającej stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Izby Skarbowej w W. z dnia 26 lutego 2001 r. utrzymano w mocy zaskarżoną decyzję. Decyzja Izby Skarbowej utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w S. z dnia 15 listopada 2000 r. określającą zobowiązanie w podatku dochodowego od osób prawnych za 1999 r w wysokości 353.916 zł. Bank wykazał w zeznaniu rocznym podatek należny w wysokości 116.030 zł.
W odwołaniu od decyzji organu podatkowego I instancji Bank powołał się na przysługujące mu na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 14 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, w brzmieniu obowiązującym w 1999 r. /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482, brzmienie powołanego przepisu - w 1999 r. - Dz.U. 1998 nr 144 poz. 931/, zwolnienie od podatku dotacji z budżetu państwa, stanowiących dopłaty do oprocentowania kredytów dla rolników.
Zwrócił przy tym uwagę na oczywistość i jednoznaczność tego przepisu w 1999 r. oraz zmianę jego brzmienia, poczynając od 1 stycznia 2000 r., kiedy to dopłaty do oprocentowania kredytów bankowych zostały wyłączone ze zwolnienia /Dz.U. 1999 nr 95 poz. 1101/.
Izba Skarbowa w W. w decyzji odwoławczej z dnia 26 lutego 2001 r. uznała, że w 1999 r., mimo braku w powoływanym przepisie wyłączenia od zwolnienia od podatku dochodowego dopłat do kredytów bankowych, stanowiły one w bankach przychody, z których dochód nie podlegał zwolnieniu od podatku dochodowego. Adresatami pomocy państwa nie są bowiem banki, lecz kredytobiorcy. Banki otrzymują dotacje na pokrycie należności z tytułu odsetek od kredytów, które zamiast kredytobiorców spłaca budżet państwa.
Występując w dniu 23 stycznia 2002 r. z wnioskiem o stwierdzenie - na podstawie art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej - nieważności ww. decyzji ostatecznej Izby Skarbowej Bank Spółdzielczy powołał się na pismo Ministra Finansów z dnia 14 listopada 2001 r., adresowane do wszystkich izb skarbowych i urzędów kontroli skarbowej, w którym wyjaśniono, że w świetle art. 17 ust. 1 pkt 14 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w brzmieniu obowiązującym w 1999 r. dopłaty do oprocentowania preferencyjnych kredytów bankowych.
W uzasadnieniu decyzji odmawiającej stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Minister Finansów wskazał na treść art. 247 par. 1 Ordynacji podatkowej i przywołał treść wyroku SN z dnia 20 czerwca 1995 r. III ARN 22/95 stwierdzając, że nie każde naruszenie prawa daje możliwość do uchylenia decyzji ostatecznej. Możliwość taką stwarza dopiero "rażące" naruszenie prawa.