Reasumując, organ interpretacyjny stwierdził, że wartość otrzymanych od pracodawcy nieodpłatnych świadczeń w zakresie opieki medycznej - co do zasady - stanowi przychód pracownika ze stosunku pracy, o którym mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. Jedynie świadczenia medyczne związane z obowiązkowymi badaniami, do których pracodawca jest zobowiązany przepisami Kodeksu pracy lub innych ustaw, są przychodem zwolnionym z opodatkowania.
W wezwaniu do usunięcia naruszenia prawa spółka podtrzymała swoje stanowisko w sprawie i wniosła o zmianę wydanej interpretacji. Zarzuciła naruszenie art. 12 ust. 1 w związku z art. 11 ust. 1 oraz art. 11 ust. 2a u.p.d.o.f.
W odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa organ stwierdził brak podstaw do zmiany interpretacji.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej interpretacji, zarzucając naruszenie:
- art. 9 ust. 1, art. 10, art. 12 ust. 1-3 w związku z art. 11 ust. 1 - 2a u.p.d.o.f. przez uznanie, że sama czynność wykupienia abonamentu medycznego dla pracowników, opłacanego w formie ryczałtu, prowadzi do otrzymania przez pracowników nieodpłatnego świadczenia, a w konsekwencji do powstania u pracowników przychodu ze stosunku pracy;
- art. 121 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60 ze zm.) przez wydanie interpretacji sprzecznej z interpretacjami powszechnie wydawanymi w identycznych sprawach w czasie ostatnich dziesięciu lat.
Zdaniem spółki, opodatkowaniu może podlegać jedynie konkretne i faktycznie otrzymane przez pracownika świadczenie. Jeśli pracownik nie korzysta z opieki medycznej zapewnionej przez spółkę, wówczas nie sposób twierdzić, że uzyskuje on jakąkolwiek "korzyść majątkową" z tego tytułu. Samo wykupienie abonamentu medycznego dla wszystkich pracowników nie prowadzi do otrzymania przez poszczególnych pracowników "przysporzenia o konkretnym wymiarze finansowym". Pracownik, któremu spółka zapewnia opiekę medyczną otrzymuje wyłącznie informację, że ma zapewnioną bezpłatną opiekę medyczną, z której może, ale nie musi korzystać, w szczególności, jeśli nie ma takiej potrzeby.
Spółka argumentowała, że przychód pracownika mógłby zostać ustalony wyłącznie w sytuacji, gdyby pracownik faktycznie skorzystał z usług medycznych opłaconych przez spółkę. Natomiast wykupując abonament medyczny, opłacany w formie ryczałtu, pracodawca nie może ustalić, w jakim zakresie i który pracownik skorzystał z usług medycznych. Dlatego też, zdaniem strony, niemożliwe jest ustalanie przychodu u pracownika.
Odpowiadając na skargę administracyjny organ interpretacyjny wniósł o jej oddalenie.
Wyrokiem z dnia 20 stycznia 2009 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, w sprawie III SA/Wa 1916/08, uchylił, na podstawie art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. nr 153, poz. 1270 ze zm.; zwanej dalej w skrócie: p.p.s.a.), zaskarżoną przez S. Sp. z o.o. z siedzibą w W. interpretację Dyrektora Izby Skarbowej w W., działającego z upoważnienia Ministra Finansów.