W stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r., w przypadku wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego (aportu), dochodziło do wyłączenia opodatkowania w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, zgodnie z art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2005 r., Nr 41, poz. 399 ze zm.)
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Marek Zirk-Sadowski, Sędzia NSA Stanisław Bogucki (sprawozdawca), Sędzia NSA Anna Dumas, Sędzia NSA Grzegorz Krzymień (współsprawozdawca), Sędzia NSA Jerzy Rypina, Sędzia NSA Krzysztof Winiarski, Sędzia NSA Małgorzata Wolf - Kalamala, , Protokolant Marcin Romanowicz, po rozpoznaniu w Izbie Finansowej na posiedzeniu jawnym w dniu 19 listopada 2012 r. zagadnienia prawnego przekazanego przez Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 2 kwietnia 2012 r., sygn. akt II FSK 1806/10 w sprawie ze skargi kasacyjnej "I." sp. z o. o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 28 kwietnia 2010 r., sygn. akt III SA/Wr 799/09 w sprawie ze skargi "I." sp. z o. o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 30 września 2009 r., nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, w którym na podstawie art. 187 § 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.) przedstawiono składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego do rozstrzygnięcia zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, tj.: "Czy w stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r., w przypadku wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego (aportu), dochodziło do wyłączenia opodatkowania w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, zgodnie z art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2005 r., Nr 41, poz. 399 ze zm.)?" podjął następującą uchwałę: w stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r., w przypadku wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego (aportu), dochodziło do wyłączenia opodatkowania w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, zgodnie z art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2005 r., Nr 41, poz. 399 ze zm.).
1. Postanowieniem z dnia 2 kwietnia 2012 r. o sygn. akt II FSK 1806/10 skład orzekający Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie ze skargi kasacyjnej "I." sp. z o.o. z siedzibą w W. (powoływanej dalej jako: Spółka) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 28 kwietnia 2010 r. o sygn. akt III SA/Wr 799/09, wydanego w sprawie ze skargi Spółki na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. (powoływanego dalej jako: Dyrektor IS) z dnia 30 września 2009 r., nr [...], w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, postanowił: (I) na podstawie art. 187 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.; dalej: p.p.s.a.) przedstawić do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, tj.: "czy w stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r., w przypadku wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego (aportu), dochodziło do wyłączenia opodatkowania w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, zgodnie z art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2005 r., Nr 41, poz. 399 ze zm.)?", (II) odroczyć rozpoznanie sprawy do czasu wyjaśnienia tego zagadnienia.
2. Wyrok WSA we Wrocławiu (Sądu pierwszej instancji) i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi:
2.1. Wyrokiem z dnia 28 kwietnia 2010 r., III SA/Wr 799/09, WSA we Wrocławiu oddalił skargę Spółki na decyzję Dyrektora IS z dnia 30 września 2009 r. , nr [...], w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku czynności cywilnoprawnych.
2.2. Uzasadniając swoje rozstrzygnięcie Sąd pierwszej instancji podał, że wnioskiem z dnia 24 marca 2009 r. Spółka zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z żądaniem stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 353.000 zł. Według strony, notariusz pobrał podatek bezzasadnie, bowiem przepisy ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2005 r., Nr 41, poz. 399 ze zm.; powoływana dalej jako: u.p.c.c.) pozostawały w sprzeczności z regulacjami prawa wspólnotowego, zgodnie z którymi podwyższenie kapitału zakładowego w związku z wniesieniem aportu w postaci przedsiębiorstwa nie podlega opodatkowaniu podatkiem kapitałowym, którego odpowiednikiem w Polsce jest podatek od czynności cywilnoprawnych. W ocenie Spółki taki wniosek wypływa z brzmienia art. 7 ust. 1 Dyrektywy Rady z dnia 17 lipca 1969 r. Nr 69/335/EWG dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE z 1969 r. L 249, poz. 25 ze zm.; zwanej dalej: "Dyrektywą 69/335/EWG"). Spółka wskazała, że Polska, wbrew generalnej zasadzie nakazującej przejęcie całego dorobku prawnego Unii Europejskiej, nie dokonała z dniem przystąpienia do niej odpowiedniej implementacji postanowień Dyrektywy 69/335/EWG, a zwłaszcza powołanego art. 7. W związku z powyższym podmioty pozbawione możliwości skorzystania z przysługujących im praw, są uprawnione do żądania bezpośredniego zastosowania przez organy podatkowe przepisów ww. dyrektywy. Zdaniem strony, czynność z dnia 30 grudnia 2005 r., polegająca na podwyższeniu kapitału zakładowego poprzez wniesienie wkładu w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa, nie powinna - na podstawie przepisu art. 7 ust. 1 Dyrektywy 69/335/EWG - podlegać opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych.