W stanie prawnym obowiązującym od dnia 30 lipca 2010 r. do dnia 28 lutego 2017 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej mógł, na podstawie art. 10 ust. 3 w związku z ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 720 i 1165), udzielić Zastępcy Dyrektora Departamentu Kontroli Skarbowej w Ministerstwie Finansów upoważnienia do wyznaczania dyrektora urzędu kontroli skarbowej właściwego do wszczęcia i przeprowadzenia postępowania kontrolnego, także poza właściwością miejscową dyrektora urzędu kontroli skarbowej, stosownie do art. 10 ust. 2 pkt 11 tej ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący sędzia NSA Jan Rudowski, Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka - Medek (sprawozdawca), Sędzia NSA Tomasz Kolanowski (współsprawozdawca), Sędzia NSA Antoni Hanusz, Sędzia NSA Sylwester Marciniak, Sędzia NSA Marek Kołaczek, Sędzia NSA Danuta Oleś, Protokolant Aleksandra Brach, z udziałem Prokuratora Prokuratury Krajowej w sprawie ze skargi kasacyjnej Przedsiębiorstwa Wielobranżowego P. sp. z o. o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 9 grudnia 2014 r., sygn. akt VIII SA/Wa 419/14 w sprawie ze skargi Przedsiębiorstwa Wielobranżowego P. sp. z o. o. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 20 lutego 2014 r., nr [...] w przedmiocie zawieszenia postępowania kontrolnego po rozpoznaniu w dniu 6 marca 2017 r. na posiedzeniu jawnym w Izbie Finansowej zagadnienia prawnego przedstawionego przez skład orzekający Izby Finansowej Naczelnego Sądu Administracyjnego postanowieniem z dnia 22 listopada 2016 r., sygn. akt I FSK 478/15, w trybie art. 187 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2016 r. poz. 718 ze zm.): "Czy w świetle przepisów obowiązującego prawa, a w szczególności art. 268a ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (t.j.: Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071 ze zm.) i art. 143 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej mógł udzielić Zastępcy Dyrektora Departamentu Kontroli Skarbowej w Ministerstwie Finansów upoważnienia do wyznaczenia dyrektora urzędu kontroli skarbowej właściwego do wszczęcia i przeprowadzenia postępowania kontrolnego, także poza właściwością miejscową dyrektora urzędu kontroli skarbowej, na podstawie art. 10 ust. 2 pkt 11 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (t.j.: Dz. U. z 2011 r. Nr 41 poz. 214 ze zm.)?" podjął następującą uchwałę: "W stanie prawnym obowiązującym od dnia 30 lipca 2010 r. do dnia 28 lutego 2017 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej mógł, na podstawie art. 10 ust. 3 w związku z ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 720 i 1165), udzielić Zastępcy Dyrektora Departamentu Kontroli Skarbowej w Ministerstwie Finansów upoważnienia do wyznaczania dyrektora urzędu kontroli skarbowej właściwego do wszczęcia i przeprowadzenia postępowania kontrolnego, także poza właściwością miejscową dyrektora urzędu kontroli skarbowej, stosownie do art. 10 ust. 2 pkt 11 tej ustawy".
Zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, zawarte w postanowieniu z 22 listopada 2016 r. sygn. akt I FSK 478/15, przedstawione przez NSA do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów, ujawniło się przy rozpoznawaniu skargi kasacyjnej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 9 grudnia 2014 r. sygn. akt VIII SA/Wa 419/14. W wyroku tym Sąd pierwszej instancji oddalił skargę P. W. P. sp. z o.o. z siedzibą w W., zwanej dalej w skrócie "Spółką", na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w W. z 20 lutego 2014 r. nr ... przedmiocie zawieszenia postępowania kontrolnego. Postanowieniem tym organ drugiej instancji, po rozpatrzeniu zażalenia Spółki, utrzymał w mocy postanowienie Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z 3 grudnia 2013 r., wydane na podstawie art. 201 § 1 pkt 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749, ze zm.; aktualny tj. Dz. U. z 2017 r. poz. 201, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "Ordynacją podatkową". Powodem zastosowania tego przepisu i zawieszenia postępowania kontrolnego prowadzonego w Spółce przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. w zakresie rozliczania się z podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2008 r. było wystąpienie organu do amerykańskiej administracji podatkowej z wnioskiem o udzielenie informacji na temat przebiegu transakcji zawieranych w tym okresie. W zażaleniu, a następnie w skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Strona, oprócz zarzutów dotyczących meritum sprawy tj. braku przesłanki do zawieszenia, podnosiła także okoliczność prowadzenia postępowania kontrolnego oraz wydania postanowień przez organy niewłaściwe miejscowo. Postanowienie z 31 lipca 2013 r., w którym na podstawie art. 10 ust. 2 pkt 11 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U z 2011 r. Nr 41, poz. 214, ze zm.; ostatni tj. Dz. U. z 2016 r. poz. 720 i 1165), zwanej dalej w skrócie "ustawą o kontroli skarbowej", wyznaczono do prowadzenia tego postępowania kontrolnego Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W., nie zostało bowiem podpisane osobiście przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej ale przez Zastępcę Dyrektora Departamentu Kontroli Skarbowej w Ministerstwie Finansów. Spółka nie zgodziła się przy tym ze stanowiskiem organu drugiej instancji, że uprawnienie, o którym mowa w wymienionym wyżej przepisie ustawy o kontroli skarbowej, Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej mógł przekazać podległym pracownikom na podstawie art. 268a Kpa, co miało miejsce w rozpatrywanej sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie nie podzielił zarzutów Spółki. Uznał, że wykładnia językowa, uzupełniona wykładnią systemową oraz celowościową art. 10 ust. 2 pkt 11 ustawy o kontroli skarbowej w związku z art. 5 § 2 pkt 3 i art. 268a Kpa, daje podstawę do przyjęcia, że Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej jako organ jednoosobowy posiadał możliwość działania w tym zakresie przez osoby upoważnione, tak jak to miało miejsce w rozpatrywanej sprawie. Odmienne stanowisko, prezentowane w tej kwestii przez Skarżącą, prowadziłoby do niepożądanego w państwie prawa paraliżu działalności organów jednoosobowych, w tym przypadku Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej np. w razie nieobecności piastuna funkcji organu.