„W świetle art. 26 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r. Nr 41, poz. 214, ze zm.), w stanie prawnym obowiązującym w 2014 r., dla podmiotu niemającego siedziby w Polsce, który w dniu rozpoczęcia postępowania kontrolnego był zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług w Polsce, a który przestał być tym podatnikiem przed zakończeniem tego postępowania, do rozpatrzenia jego odwołania od decyzji dyrektora urzędu kontroli skarbowej, właściwy był dyrektor izby skarbowej właściwy ze względu na siedzibę podatnika”.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Jan Rudowski, Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek (sprawozdawca), Sędzia NSA Jerzy Płusa (współsprawozdawca), Sędzia NSA Stefan Babiarz, Sędzia NSA Adam Bącal, Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Aleksandra Wrzesińska-Nowacka, Protokolant Krzysztof Osial, z udziałem Prokuratora Prokuratury Krajowej Bożeny Kiecol w sprawie ze skargi kasacyjnej C. S.A. z siedzibą w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 9 czerwca 2015 r., sygn. akt III SA/Wa 222/15 w sprawie ze skargi C. S.A. z siedzibą w P. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 25 listopada 2014 r., nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za lipiec i sierpień 2012 r. oraz styczeń i marzec 2013 r. po rozpoznaniu w dniu 26 lutego 2018 r. na posiedzeniu jawnym w Izbie Finansowej zagadnienia prawnego przedstawionego przez skład orzekający Izby Finansowej Naczelnego Sądu Administracyjnego postanowieniem z dnia 27 października 2017 r., sygn. akt I FSK 144/16, w trybie art. 187 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2017 r. poz. 1369, ze zm. "Czy w świetle art. 26 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r., Nr 41, poz. 214. ze zm.), w stanie prawnym obowiązującym w 2014 r., dla podmiotu niemającego siedziby w Polsce, który w dniu rozpoczęcia kontroli podatkowej był zarejestrowanym podatnikiem VAT w Polsce, a który przestał być tym podatnikiem przed zakończeniem tej kontroli, do rozpatrzenia jego odwołania od decyzji dyrektora urzędu kontroli skarbowej, właściwy był dyrektor izby skarbowej właściwy dla kontrolowanego w dniu zakończenia postępowania kontrolnego, czy też dyrektor izby skarbowej właściwy ze względu na siedzibę urzędu kontroli skarbowej, którego dyrektor wydał decyzję?" podjął następującą uchwałę: "W świetle art. 26 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r. Nr 41, poz. 214, ze zm.), w stanie prawnym obowiązującym w 2014 r., dla podmiotu niemającego siedziby w Polsce, który w dniu rozpoczęcia postępowania kontrolnego był zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług w Polsce, a który przestał być tym podatnikiem przed zakończeniem tego postępowania, do rozpatrzenia jego odwołania od decyzji dyrektora urzędu kontroli skarbowej, właściwy był dyrektor izby skarbowej właściwy ze względu na siedzibę podatnika".
Postanowieniem z dnia 27 października 2017, sygn. akt I FSK 144/16 Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie art. 187 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "P.p.s.a.", przedstawił składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego do rozstrzygnięcia zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości: "Czy w świetle art. 26 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r. Nr 41, poz. 214, ze zm.) w stanie prawnym obowiązującym w 2014 r., dla podmiotu niemającego siedziby w Polsce, który w dniu rozpoczęcia kontroli podatkowej był zarejestrowanym podatnikiem VAT w Polsce, a który przestał być tym podatnikiem przed zakończeniem tej kontroli, do rozpatrzenia jego odwołania od decyzji dyrektora urzędu kontroli skarbowej właściwy był dyrektor izby skarbowej właściwy dla kontrolowanego w dniu zakończenia postępowania kontrolnego, czy też dyrektor izby skarbowej właściwy ze względu na siedzibę urzędu kontroli skarbowej, którego dyrektor wydał decyzję?".
Zagadnienie prawne, przedstawione przez NSA w postanowieniu do rozpoznania składowi siedmiu sędziów NSA, związane jest z jednym z zarzutów podniesionych w skardze kasacyjnej C. S.A. z siedzibą w P. od wyroku WSA w Warszawie z dnia 9 czerwca 2015 r., sygn. akt III SA/Wa 222/15, którym oddalono skargę spółki na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. w przedmiocie podatku od towarów i usług za lipiec i sierpień 2012 r. oraz styczeń i marzec 2013 r. Spółka, powołując się na naruszenie przepisów postępowania w stopniu mającym istotny wpływ na wynik sprawy: art. 145 § 1 pkt 2 i art. 151 P.p.s.a., w zw. z art. 247 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "Ordynacją podatkową", w zw. z art. 26 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011r. Nr 41, poz. 214, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "u.k.s.", w zw. z art. 31 ust. 1 u.k.s. w zw. z art. 15 § 1 i art. 17 § 1 Ordynacji podatkowej, podniosła, że Sąd pierwszej instancji wydał wadliwe rozstrzygnięcie gdyż oddalił skargę w sytuacji wystąpienia przesłanki do stwierdzenia nieważności zaskarżonej decyzji z uwagi na wydanie jej przez niewłaściwy miejscowo organ - Dyrektora Izby Skarbowej w W. zamiast Dyrektora Izby Skarbowej w S. Zdaniem Spółki, przy ustalaniu właściwości miejscowej organu odwoławczego nieprawidłowo zastosowany został art. 26 ust. 1, zdanie pierwsze u.k.s. W dniu zakończenia postępowania kontrolnego i wydania decyzji przez organ kontroli skarbowej, tj. 11 sierpnia 2014 r., nie była już bowiem zarejestrowanym podatnikiem VAT. Tym samym w sprawie nie można było ustalić właściwego dla niej dyrektora izby skarbowej stosownie do art. 17 § 1 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "u.p.t.u.". Dlatego, zgodnie z art. 26 ust. 1, zdanie drugie u.k.s., właściwym organem odwoławczym od decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S. był dyrektor izby skarbowej właściwy ze względu na siedzibę urzędu kontroli skarbowej, którego dyrektor wydał decyzję w pierwszej instancji, czyli Dyrektor Izby Skarbowej w S. Powołała się przy tym na stanowisko zawarte w wyroku NSA z dnia 23 stycznia 2013 r., sygn. akt I FSK 162/12.