Odnosząc się do koncepcji przyznania podmiotowi udzielającemu dotacji kompetencji do orzekania o jej zwrocie, w stanie prawnym obowiązującym przed wspomnianą już nowelizacją ustawy z dnia 26 listopada 1998 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego w latach 1999-2002, należy uznać, że nie znajduje ona uzasadnienia w stanie prawnym. Wyrażane w tej kwestii stanowisko Ministra Finansów, zawarte w piśmie z dnia 5 marca 2001 r. (...), przyznające kompetencję do wydawania decyzji w sprawie dotacji celowych podmiotowi, który dotacje przekazał, zawiera raczej postulat pod adresem organów podatkowych a nie argumentację natury prawnej. Stanowisko to nie znajduje w szczególności oparcia w art. 91 ust. 3 pkt 2 oraz ust. 4 pkt 5 ustawy z dnia 26 listopada 1998 r. o finansach publicznych. Powołane przepisy stanowią, że dysponenci części budżetowych sprawują nadzór i kontrolę nad całością gospodarki finansowej podległych im jednostek organizacyjnych i w tym celu dokonują okresowych ocen, między innymi w zakresie wykorzystania dotacji udzielonej z budżetu Państwa. Z brzmienia powołanego przepisu jednoznacznie wynika, że ma on zastosowanie do stosunków między dysponentami części budżetowych a jednostkami im podległymi. Analizując wzajemną relację wojewody i jednostek samorządu terytorialnego, jakim są gminy, należy uznać, że relacja takiej organizacyjnej podległości między nimi nie zachodzi, co wyklucza stosowanie środków nadzoru.
W świetle dotychczasowych spostrzeżeń trzeba uznać, że rozstrzygnięcie Inspektora Kontroli Skarbowej w sprawie zwrotu nadmiernie pobranej dotacji celowej z budżetu Państwa na refundację środków własnych wydanych na inwestycje infrastrukturalne, udzielonej na podstawie art. 36 ust. 4 i 5 w związku z ust. 3 pkt 2 ustawy z dnia 10 maja 1990 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o samorządzie terytorialnym i ustawę o pracownikach samorządowych, jako dotyczące innych należności budżetowych w rozumieniu art. 24 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, powinno nastąpić po przeprowadzeniu postępowania kontrolnego w formie decyzji wydanej na podstawie ostatnio powołanego przepisu.
Uwzględniając wszystkie przytoczone wyżej argumenty, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 49 ust. 2 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./, podjął uchwałę jak w sentencji.