Izba Skarbowa w W. wniosła o oddalenie wszystkich skarg, podtrzymując dotychczasową argumentację.
Postanowieniem z dnia 31 stycznia 2001 r. na podstawie art. 219 Kpc w związku z art. 59 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym, Sąd połączył do wspólnego rozpoznania i rozstrzygnięcia pod sygnaturą III SA 1274/98, wszystkie dziewięć spraw, zarejestrowanych wcześniej oddzielnie i wystąpił o wyjaśnienie przez skład siedmiu sędziów sformułowanej na wstępie wątpliwości prawnej.
Wątpliwość ta wiąże się z rozbieżnościami, które na tle stosowania art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej pojawiły się w orzecznictwie Sądu Najwyższego i Naczelnego Sądu Administracyjnego.
W wyroku Sądu Najwyższego z dnia 11 marca 1999 r. III RN 153/98 /OSNAPU 2000 nr 1 poz. 3/ wyrażono pogląd, że umowa pożyczki udzielona przez podmiot gospodarczy w ramach świadczonych usług finansowych objętych poz. 13 załącznika nr 2 do ustawy o podatku od towarów i usług nie podlegała w okresie od dnia 5 lipca 1993 r. do dnia 31 grudnia 1994 r. opłacie skarbowej, o ile działalność pożyczkowa obejmowała tylko środki własne pożyczkodawcy. W następnych dwóch wyrokach z dnia 4 listopada 1999 r. III RN 68/99 i III RN 69/99 /OSNAPU 2000 nr 17 poz. 633 i 634/ Sąd Najwyższy podtrzymał swoje stanowisko i stwierdził, ze w latach 1994 i 1995 art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej stanowił podstawę do zwolnienia od tej opłaty spółek prawa handlowego. Zauważył przy tym, że usługi polegające na udzielaniu pożyczek przez podmioty gospodarcze nie będące bankami zaliczone zostały do podkategorii o symbolu statystycznym KWi U 65.22.1 - "Usługi związane z udzielaniem kredytów pozostałe", co oznacza, iż w owym czasie umowy pożyczki należało zaliczyć do kategorii "usług w zakresie finansów" z poz. 13 załącznika nr 2 do ustawy o podatku od towarów i usług. Podobnie wypowiedział się Sąd Najwyższy w dwóch wyrokach z dnia 13 stycznia 2000 r. III RN 126/99 i III RN 127/99 /OSNAPU 2000 nr 21 poz. 775 i 776/, akcentując warunek udzielenia pożyczki ze środków własnych pożyczkodawcy.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażono tymczasem pogląd, że umowa pożyczki nie jest umową "tego rodzaju", co umowa sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu. Przykładami takich orzeczeń mogą być wyroki: z dnia 4 grudnia 1998 r. I SA/Po 683 i 706/98, z dnia 2 lutego 2000 r. III SA 267/99, z dnia 8 czerwca 2000 r. III SA 1298/99, z dnia 9 czerwca 2000 r. III SA 1257, 1266, 1285 i 1286/97 oraz z dnia 26 października 2000 r. III SA 1228/97.
Początkowo w nielicznych tylko orzeczeniach Naczelny Sąd Administracyjny podzielał pogląd Sądu Najwyższego co do wykładni art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej, na przykład w wyrokach z dnia 25 listopada 1999 r. I SA/Ka 293/98 oraz z dnia 24 stycznia 2001r. III SA 1280/98. Tendencja ta rozszerzyła się po uchyleniu przez Sąd Najwyższy w związku z uwzględnieniem rewizji nadzwyczajnych znacznej części wyroków, o których była mowa wyżej.