Sąd podnosi, iż przewidziana w § 3 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 7 maja 2010 r. w sprawie kontroli niektórych wyrobów akcyzowych (Dz. U. z 2010 r. nr 86, poz. 555), które zastąpiło rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 7 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonywania szczególnego nadzoru podatkowego, kontrola przestrzegania przepisów o podatku akcyzowym w zakresie produkcji, przemieszczania i zużycia wyrobów akcyzowych, jak precyzuje § 4 ust. 1 pkt 3 tego rozporządzenia wykonywana jest doraźnie lub jako kontrola stała i m. inn. polega na pobieraniu i badaniu próbek wyrobów akcyzowych.
W ocenie Sądu to narzędzie kontroli powinno być przez organ systematycznie wykorzystywane, zwłaszcza gdy postępowanie dotyczy określania zobowiązań podatkowych w podatku akcyzowym w tak dużych kwotach, jak w rozpoznawanej sprawie (1 565 490 zł za okres rozliczeniowy jednego miesiąca - stycznia 2011 r.).
Brak badań przeprowadzonych na próbkach wyrobu pobranych w przedmiotowym okresie (styczeń 2011 r.) nie pozwala na przyjęcie, iż stan faktyczny w rozpoznawanej sprawie ustalony został prawidłowo. Organ podatkowy nie zebrał całego materiału dowodowego, do czego był zobowiązany wobec treści art. 187 § 1 O.p. W konsekwencji doszło także do naruszenia art. 191 O.p.
Działanie organu, w ocenie Sądu, rażąco narusza wyrażoną w art. 121 § 1 O.p. zasadę prowadzenia postępowania przez organy podatkowe w sposób budzący do nich zaufanie.
Sprzeczność w działaniach i ocenach organu uniemożliwia realizowanie przez niego wyrażonej w art. 124 O.p. zasady, iż organ powinien dążyć do wykonania przez stronę jego decyzji bez stosowania środków przymusu.
W rozpoznawanej sprawie doszło do naruszenia art. 122 O.p., zgodnie z którym organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy.
Dokonana przez Sąd w rozpatrywanej sprawie analiza akt administracyjnych oraz uzasadnienie zaskarżonych decyzji prowadzi zatem do wniosku, że organy podatkowe orzekające w niniejszej sprawie nie podjęły wszelkich niezbędnych czynności w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, nie zebrały i w sposób wyczerpujący nie rozpatrzyły całego materiału dowodowego, naruszając przy tym zasadę swobodnej oceny dowodów.
Powyższe ustalenia czynią, że odnoszenie się do pozostałych zarzutów skargi byłoby przedwczesne.
W toku ponownego rozpoznawania sprawy organ, z mocy art. 153 prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, winien uwzględnić przedstawione stanowisko Sądu.
Mając powyższe na uwadze Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił zaskarżoną decyzję, w oparciu o art. 145 § 1 pkt 1 lit c p.p.s.a., który stanowi, iż podstawą do uchylenia decyzji może być naruszenie przepisów postępowania tylko wtedy, gdy uchybienie to wywarło istotny wpływ na wynik sprawy. W ocenie Sądu taka sytuacja ma miejsce w rozpoznanej sprawie.
Pomimo uwzględnienia skargi Sąd nie zasądził na rzecz skarżącego od organu zwrotu kosztów postępowania, ponieważ do momentu zamknięcia rozprawy bezpośrednio poprzedzającej wydanie orzeczenia jego pełnomocnik nie zgłosił wniosku o przyznanie należnych kosztów (art. 210 § 1 p.p.s.a).