Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Andrzej Jurkiewicz, Sędziowie Barbara Adamiak, Leszek Kiermaszek (spr.), , po rozpoznaniu w dniu 2 października 2015 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Ogólnoadministracyjnej wniosku Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w W. o rozstrzygnięcie sporu kompetencyjnego pomiędzy Regionalnym Dyrektorem Ochrony Środowiska w W. a Prezydentem W. w przedmiocie wskazania organu właściwego do rozpoznania wniosku M. Sp. z o.o. z siedzibą w W. o wydanie pozwolenia na wytwarzanie odpadów niebezpiecznych oraz innych niż niebezpieczne na odcinku I linii metra (stacja A0 - A23) i na odcinku centralnym II linii metra (stacja C09 - C15) oraz stwierdzenie wygaśnięcia pozwolenia na wytwarzanie odpadów udzielonego decyzją Prezydenta W. z dnia [...] października 2012 r, nr [...] postanawia: wskazać Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w W. jako organ właściwy do rozpoznania spraw.
Pismem z dnia 6 maja 2015 r. Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w W. wniósł o rozstrzygnięcie sporu kompetencyjnego pomiędzy nim a Prezydentem W. poprzez wskazanie Prezydenta W. jako organu właściwego do rozpoznania wniosku M. Sp. z o.o.
z siedzibą w W. (dalej określanej jako Spółka) o wydanie pozwolenia na wytwarzanie odpadów niebezpiecznych oraz innych niż niebezpieczne na odcinku
I linii metra (stacje A0-A23) i na odcinku centralnym II linii metra (stacje C09-C15) oraz stwierdzenie wygaśnięcia pozwolenia na wytwarzanie odpadów udzielonego decyzją Prezydenta W. z dnia [...] października 2012 r., nr [...], z wyłączeniem instalacji dla której właściwym rzeczowo jest Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w W.
W uzasadnieniu tego wniosku Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska, zwany dalej RDOŚ, wskazał, że wniosek o wydanie pozwolenia na wytwarzanie odpadów sporządzony jest dla obu linii metra, jednakże każdą linię metra, tj. odcinek I i odcinek II, należy traktować jako dwie odrębne instalacje, podlegające właściwości rzeczowej dwóch różnych organów. Dla I linii metra Prezydent W., zwany dalej Prezydentem, uznał swoją właściwość wydając w dniu [...] października 2012 r. decyzję o pozwoleniu na wytwarzanie odpadów. W przypadku II linii metra sprawa nie jest oczywista, gdyż jedna z nieruchomości, na której zlokalizowana jest stacja przesiadkowa "S." (działka o nr [...] z obrębu [...]) znajduje się na terenie zamkniętym, wskazanym w decyzji Ministra Infrastruktury z dnia [...] marca 2014 r. w sprawie ustalenia terenów, przez które przebiegają linie kolejowe, jako terenów zamkniętych. Zatem tylko w tym zakresie organem właściwym jest RDOŚ.
W ocenie RDOŚ brak było podstaw do przekazania przez Prezydenta wniosku, co nastąpiło pismem z dnia 6 lutego 2015 r., z wyłączeniem jedynie tej części wniosku, która dotyczy instalacji na terenie zamkniętym II linii metra. Zupełnie niezasadnie przekazano wniosek w odniesieniu do instalacji na terenie dla odcinka
I linii metra, a tym bardziej do uchylenia decyzji Prezydenta o zezwoleniu na wytwarzanie odpadów dla instalacji położonej na terenie I linii metra.
Prezydent w odpowiedzi na ten wniosek w piśmie z dnia 19 czerwca 2015 r. wniósł o rozstrzygnięcie sporu kompetencyjnego przez wskazanie RDOŚ jako organu właściwego do załatwienia sprawy w całości w następstwie wniosku M. Sp. z o.o. w W. z dnia 16 grudnia 2014 r.
Prezydent podtrzymał swoje stanowisko, że wszystkie budowle należące zarówno do I linii, jak i II linii metra stanowią jedną instalację wraz z urządzeniami, której eksploatacja powoduje wytwarzanie odpadów. Już we wniosku Spółka wskazała, że wszystkie obiekty liniowe, tunele, naziemne i podziemne przejścia dla pieszych, oczyszczalnia ścieków oraz stacje uzdatniania wody stanowiące budowle połączone są torami i stanowią jedną instalację, której eksploatacja powoduje wytwarzanie odpadów. Skoro część instalacji położona jest na terenie zamkniętym (węzeł przesiadkowy "S." na odcinku II linii metra), przedmiotowy wniosek należało przekazać RDOŚ na podstawie art. 378 ust. 2 ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 r. - Prawo ochrony środowiska (Dz. U. z 2013 r. poz. 1232 ze zm.). Nieuzasadnione merytorycznie jest, by RDOŚ wydał decyzję dotyczącą jedynie fragmentu instalacji.