W rozpatrywanej sprawie doszło do zmiany kompetencji organów. W dacie zaistnienia zdarzenia (13 listopada 2006 r.), w wyniku którego doszło do zanieczyszczenia ziemi (art. 102 ust. 1 i 4 pkt 1 poś - j.t. Dz. U. z 2006 r., nr 129, poz. 902) i w dacie wydania decyzji przez Starostę (16 kwietnia 2007 r.), właściwym do określenia w drodze decyzji o obowiązku poniesienia kosztów rekultywacji, ich wysokości oraz sposobu ich uiszczenia, był starosta (art. 102 ust. 8 poś, w brzmieniu t.j. Dz. U. z 2006 r., nr 129, poz. 902; A. Lipiński w: red. J. Jendrośka, Ustawa z dnia 27 kwietnia 2001 r. Prawo ochrony środowiska. Komentarz, Centrum Prawa Ekologicznego, Wrocław 2001, s. 398-399, uw. 8, 10-12, 14; K. Gruszecki, Prawo ochrony środowiska. Komentarz, Wolters Kluwer 2007, s. 254-255, uw. IV. 1-4). Art. 102 poś został uchylony z dniem 30 kwietnia 2007 r. na mocy art. 32 pkt 4 ustawy z dnia 13 kwietnia 2007 r. o zapobieganiu szkodom w środowisku i ich naprawie (Dz. U. nr 75, poz. 473; B Rakoczy w: J. Ciechanowicz-McLean, Z. Bukowski, B Rakoczy, Prawo ochrony środowiska. Komentarz, LexisNexis 2008 s. 227; B Rakoczy w: Z. Bukowski, E. K. Czech, K. Karpus, B Rakoczy, Prawo ochrony środowiska. Komentarz, LexisNexis 2013 s. 166).
W przepisach przejściowych ustawodawca wskazał, że do bezpośredniego zagrożenia szkodą w środowisku lub do szkodą w środowisku, które zaistniały przed dniem 30 kwietnia 2007 r. lub wynikły z działalności, która została zakończona przed dniem 30 kwietnia 2007 r., stosuje się przepisy dotychczasowe (art. 35 ust. 1 uzsz). Do szkód w środowisku dotyczących powierzchni ziemi wyrządzonych przed dniem 30 kwietnia 2007 r., stosuje się przepisy ustawy zmienianej w art. 32 [Prawo ochrony środowiska (Dz. U. z 2006 r., nr 129, poz. 902 ze zm.)] w brzmieniu dotychczasowym, z tym że organem właściwym jest wojewoda (art. 35 ust. 2 uzsz). W doktrynie wskazano, że po wejściu w życie art. 35 ust. 2 uzsz, zamiast starosty organem właściwym do egzekwowania odpowiedzialności jest zawsze wojewoda (W. Radecki, Ustawa o zapobieganiu szkodom w środowisku i ich naprawie. Komentarz, Difin 2007, s. 128-129).
Z dniem 15 listopada 2008 r. do zadań regionalnego dyrektora ochrony środowiska ustawodawca zaliczył w szczególności przeprowadzanie postępowań i wykonywanie innych zadań, o których mowa w ustawie z dnia 13 kwietnia 2007 r. o zapobieganiu szkodom w środowisku i ich naprawie (art. 131 ust. 1 pkt 6 udiś). Z tym dniem ustawodawca do zadań Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska zaliczył w szczególności kontrolę odpowiedzialności za zapobieganie szkodom w środowisku i naprawę szkód w środowisku (art. 127 ust. 1 pkt 2 udiś). Z tym samym dniem Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska pełni funkcję organu wyższego stopnia w rozumieniu Kodeksu postępowania administracyjnego w stosunku do regionalnych dyrektorów ochrony środowiska (art. 127 ust. 3 udiś). Podobne rozwiązania zawierają także inne przepisy prawa materialnego (przykładowo art. 88a ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. Prawo budowlane - t.j. Dz. U. z 2013 r., poz. 1409 ze zm., który wskazuje że organem wyższego stopnia w stosunku do wojewodów i wojewódzkich inspektorów nadzoru budowlanego jest Główny Inspektor Nadzoru Budowlanego (A. Matan w: G. Łaszczyca, C. Martysz, A. Matan, Kodeks postępowania administracyjnego. Komentarz, Wolters Kluwer 2010, t. 1, uw. 6 do art. 17; B. Adamiak w: B. Adamiak, J. Borkowski, odeks postępowania administracyjnego. Komentarz, C.H. Beck 2012, s. 101, nb 12). Z dniem 15 listopada 2008 r. Generalnemu Dyrektorowi Ochrony Środowiska przysługują również uprawnienia nadzorcze (K. Gruszecki, Komentarz do art. 76 udiś, LEX/el 2013, uw. 4).
W dacie orzekania Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego wyrokiem IV SA/Wa 1477/11, brak było sprecyzowania żądania Starosty, w jakim trybie wnosi o wyeliminowanie decyzji Samorządowego Kolegium Odwoławczego [...] z [...] 2007 r. nr [...]. Wnioskiem z 31 maja 2012 r. Starosta wskazał, że wnosi o stwierdzenie nieważności decyzji z [...] 2007 r., wskazując art. 156 § 1 pkt 1 kpa. Z tej przyczyny nie zachodziła konieczność odrzucenia wniosku o rozstrzygnięcie sporu kompetencyjnego. Nieważność aktu w ramach art. 156 § 1 kpa bada się w jednym postępowaniu, biorąc pod uwagę wszystkie wskazane przesłanki (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 21.10. 2009 r., I OSK 40/09, Lex nr 573279).
Biorąc powyższe pod uwagę, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 15 § 2 ppsa orzekł, jak w sentencji postanowienia.