Ponadto, nie ma znaczenia czy płatnik pobrał, czy też nie pobrał należnego podatku od należności wynikających ze stosunku pracy. Zgodnie bowiem z art. 21 § 1 pkt 1 i § 2 Ordynacji podatkowej w przypadku, gdy zobowiązanie podatkowe powstaje z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania, a przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, z zastrzeżeniem § 3, (który to nie znajduje w sprawie zastosowania). Stosownie zaś do treści art. 26 Ordynacji podatkowej - podatnik samodzielnie odpowiada za wynikające ze zobowiązań podatkowych podatki, które zadeklarował.
W świetle powyższych uwag, należałoby przyjąć, że unormowanie z art. 26a Ordynacji podatkowej mogłoby wejść w rachubę tylko wówczas, gdyby podatnik nie zadeklarował osobiście w podstawie opodatkowania otrzymanego odszkodowania z tytułu rozwiązania umowy o pracę i nie uiścił z tego tytułu podatku. Unormowanie to związane jest bowiem z wysokością zaliczki, do której pobrania zobowiązany jest płatnik, a nie z podatkiem zapłaconym przez samego podatnika.
Z punktu widzenia analizowanego zagadnienia należy równocześnie zwrócić uwagę na argumenty powoływane przez skarżących w kontekście naruszenia przez organy i Sąd zasady równości wszystkich obywateli wobec prawa wyrażonej w art. 32 Konstytucji RP. W ich ocenie, niedopuszczalne jest przyjęcie, że różne są dla podatników konsekwencje niewłaściwego zastosowania przepisów prawa podatkowego przez płatnika, w zależności czy stanowisko płatnika zostało lub nie potwierdzone w (ostatecznie błędnej) interpretacji indywidualnej prawa podatkowego. W sytuacji bowiem, w której spółka zastosowałaby przepisy o zwolnieniu z opodatkowania podatkiem od osób fizycznych odszkodowania wypłacanego pracownikom z tytułu przystąpienia do PDO w identyczny, jak w niniejszej sprawie sposób, ale bez zwrócenia się do organu upoważnionego o potwierdzenie swojego stanowiska w interpretacji indywidualnej skarżącemu bezsprzecznie przysługiwałaby ochrona wynikająca z art. 26a Ordynacji podatkowej. Nie do przyjęcia jest więc, zdaniem stron, uznanie, że błędna Interpretacja dokonana przez organ upoważniony niesie dla skarżącego negatywne konsekwencje w postaci niemożliwości zastosowania wobec niego art. 26a Ordynacji podatkowej. Byłoby to nierówne jego traktowanie względem innych podatników, których zakłady pracy nie pobrały zaliczek na podatek dochodowy z tytułu odszkodowania wypłacanego w ramach PDO, a które nie posiadały w tym zakresie interpretacji indywidualnych.
Zróżnicowanie sytuacji podatników może dotyczyć również samych pracowników spółki, która dysponowała wydaną na jej wniosek błędną interpretacją indywidualną (późniejsze jej wygaśnięcie). Gorsza bowiem byłaby sytuacja tych pracowników, którzy chcąc uniknąć ewentualnych negatywnych konsekwencji zdecydowali się ująć ww. należność w deklaracji podatkowej i zapłacić podatek od tych którzy tego nie uczynili.